r - 计算姐妹物种之间的性状差异

Question

我有系统发育和 3-D 形态测量数据。我想计算姐妹分类群 PC 分数之间的特征差异。R 或 R 脚本中是否有可以执行此操作的函数？

标签： rphylogeny

Answer 1

您确实可以将评论中建议的dispRity包与geomorph包结合使用。

R一旦您的 3D 数据通过正确读取，geomorph您就可以使用这个简单的管道：

## Make sure the packages are installed
library(dispRity)
library(geomorph)

## Some example 2D dataset
data(plethodon)

## Performing some GPA
procrustes <- gpagen(plethodon$land, PrinAxes=FALSE)

## Creating a geomorph dataframe
geomorphDF <- geomorph.data.frame(procrustes, species = plethodon$species)

## Creating a dispRity object and performing and ordination
ordination <- geomorph.ordination(geomorphDF)

## Measuring disparity as the sum of variances
disparity <- dispRity(ordination, metric = c(sum, variances))

summary(disparity)
#         subsets  n   obs
# 1  species.Jord 20 0.004
# 2 species.Teyah 20 0.004

当然，我强烈建议您在每个步骤中必须做出的影响和决定（每个步骤的详细信息可以在功能手册中找到）。