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r - 单片机和DDRTree的安装

问题描述

我似乎无法安装用于单细胞 RNA 测序分析的 bioconductor 包“monocle”。我的 R 版本是 3.4.3，Bioconductor 是 3.6。我不断收到此错误消息，并且单独安装 DDRTree 也失败了。你知道我怎么能解决这个问题吗？非常感谢。

biocLite("monocle") BioC_mirror: https://bioconductor.org 使用 Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30)。安装包'monocle'同时安装依赖'DDRTree'

尝试 URL ' https://cran.rstudio.com/src/contrib/DDRTree_0.1.5.tar.gz '

内容类型 'application/x-gzip' 长度 13728 字节 (13 KB)

已下载 13 KB

尝试 URL ' https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/monocle_2.6.4.tar.gz '

内容类型 'application/x-gzip' 长度 9497904 字节 (9.1 MB)

已下载 9.1 MB

下载的源码包在'/tmp/Rtmpcx6BJi/downloaded_pa​​ckages'安装路径不可写，无法更新包：BH, ChIPpeakAnno, ChIPseeker, DBI, DEXSeq, DT, FNN, Formula, GEOquery, GGally, GOSemSim, GWASTools, GenomicAlignments, GenomicFeatures, GenomicRanges, Gviz, HardyWeinberg, Hmisc, ICS, ICSNP, MASS, MCMCpack, Matrix, MultiAssayExperiment, NCmisc, NMF, R6, RCurl, RMySQL, RSQLite, RSpectra, RUnit, Rcpp, RcppArmadillo, RcppEigen, RcppParallel, Rtsne, SPAtest, ShortRead, StanHeaders, VGAM, VariantAnnotation, VennDiagram, XML, ade4, amap, annotate, ape, argparse, bigmemory, bindr, bindrcpp, biomaRt, bit, blob, bookdown, caTools, chron, classInt, cli, cluster, coda, commonmark,牛图，curl，data.table，desc，devtools，digest，doParallel，dotCall64，dplyr，e1071，edgeR，椭圆，ensembldb，erma，评估，ff，ffbase，fgsea，字段，外国，futile.options，getopt，ggbio，ggfortify，ggplot2，git2r，glmnet，胶水，gmp，gtools，hexbin，highr，hms，htmlTable，htmlwidgets，httpuv， igraph, inline, irlba, 迭代器, knitr, lambda.r, lattice, ldblock, limma, lmtest, logistf, loo, lubridate, maps, matrixStats, mclust, mgcv, mouse, microbenchmark, mime, miniUI, mixOmics, munsell, mvtnorm, nlme、openssl、optparse、packrat、phangorn、pheatmap、支柱、pkgconfig、pkgmaker、plogr、plotly、plotrix、progress、psych、purrr、quantreg、rJava、游侠、重塑、rgl、rhandsontable、rjags、rjson、rlang、rmarkdown、 rngtools, roxygen2, rpart, rprojroot, rstan, rstudioapi, rtracklayer, rvcheck, 三明治, 秤, scater, scatterplot3d, sf, 形状, 闪亮的, shinyWidgets, shinydashboard, shinyjs, sm, 雪, sourcetools, 垃圾邮件,spp、stringi、stringr、survey、survival、testthat、tibble、tidyr、tidyselect、truncnorm、units、utf8、viridis、viridisLite、withr、xgboost、xlsx、xml2、xtable、yaml、zoo 警告消息：1：在 install.packages (pkgs = doing, lib = lib, ...) : 安装包 'DDRTree' 的退出状态非零 2: 在 install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) : 安装包' monocle' 具有非零退出状态退出状态非零退出状态非零

标签： rbioconductor

解决方案

假设我们有同样的错误，找到了解决方法。

退出 R，

如果使用 windows 删除 DDRTree 包文件夹

\Users\USER\Documents\R\win-library\3.5

重新加载 R，没有任何包

跑

devtools::install_github("cole-trapnell-lab/DDRTree")

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