dna-sequence - 如何使用 bedtools 覆盖来评估基因组组装？

Question

我一直在尝试使用“bedtools coverage”命令来尝试评估我的基因组组装的覆盖率以及是否存在任何倒位等。我一定对某些事情有一个基本的误解：我使用 BWA 从我的 illumina 读取创建一个 BAM 文件和参考基因组。我的印象是这个 BAM 文件是我的读数与所述基因组的比较。那么为什么我需要将基因组输入到 bedtools 覆盖范围——我的 BAM 文件不应该已经包含相关的基因组吗？关于如何处理这个问题或适当的第二个输入是什么的任何建议？

标签： dna-sequencegenome

Answer 1

床具覆盖不需要你的基因组。您只需要您的 bam 文件和基因组大小文件。

我想他们的名字确实有点令人困惑。虽然如果您看到他们的“-d”示例

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html

“my.genome”只有两列，第一列是染色体，第二列是列的大小。

如果您的输入是床文件，他们需要这个我猜他们只是没有费心通过阅读标题来专门支持 bam 文件。