r - 在R中创建生态数据时间序列时如何处理复杂的时间线

Question

我是时间序列分析的新手，在 R 中创建生态时间序列数据集时遇到问题。

我的研究正在研究入侵物种清除事件后溪流群落的变化。社区数据是在多个河流移除前后的多个日期收集的，我对移除后社区变化持续多长时间感兴趣，以及河流特征对移除影响的幅度和长度的预期影响。我创建了一个差异值数据集（示例如下），将每个时间点的社区与每个流中最早采样日期的社区进行比较。

Timeline Stream 1    Stream 2    Stream 3    Stream 4
-19      NA          NA          NA          0
-18      NA          NA          NA          0.271255061
-17      NA          NA          NA          0.501858736
-16      NA          NA          NA          0.597650514
-15      NA          NA          NA          0.111821086
-14      NA          NA          NA          0.572167372
-13      NA          NA          NA          0.398550725
-12      NA          NA          NA          NA
-11      NA          NA          NA          NA
-10      NA          NA          NA          0.491166078
-9       NA          NA          NA          0.429824561
-8       NA          NA          0           0.396138637
-7       NA          NA          0.416184971 0.253012048
-6       NA          NA          0.377593361 0.184313725
-5       0           0           0.34927454  0.455938697
-4       0.301852959 0.151048951 0.300859599 0.463414634
-3       0.175508896 0.177892919 0.383909476 0.591240876
-2       0.2719954   0.276716207 0.338422392 0.74863388
-1       0.378787879 0.289044289 0.321074965 0.382857143
0        0.48840382  0.492374728 0.480812641 0.279352227
1        0.205225912 0.638044914 0.420965058 0.42394822
2        0.307830245 0.412844037 0.306707815 0.176870748
3        0.795081967 0.827380952 0.523809524 0.53125
4        0.665144597 NA          0.457983193 0.460207612
5        0.800165153 NA          0.395833333 0.429467085
6        0.832073887 NA          0.435897436 0.536082474
7        0.760904685 NA          0.483870968 0.535460993
8        0.68080185  NA          0.648854962 0.56466877
9        0.636092468 NA          0.722666667 NA
10       0.866552609 NA          0.615       NA
11       0.635135135 NA          0.605364312 NA
12       0.530864198 NA          0.379032258 NA
13       0.648023863 NA          0.562945368 NA
14       0.660060976 NA          0.68877551  NA
15       0.548478415 NA          0.454545455 NA
16       0.601763409 NA          0.558194774 NA
17       0.676628352 NA          0.588235294 NA
18       0.741626794 NA          0.43776824  NA

我最大的挑战是弄清楚如何在 R 中对时间进行编码。由于对流进行完全采样需要时间，因此并非所有流都可以在同一天进行采样，而且一整套采样通常跨越数月。在数据采集过程中，项目采用了周期时间码（即第一个采样事件标记为“周期 1”，第二个采样事件标记为“周期 2”，以此类推），因此没有设置日期、月份或频率。采样。此外，一些流中的采样开始较晚（流 1 和流 2 在第 4 周期中首先采样），而几个流中的采样提前结束（流 2 仅在第 17 周期中采样）。在某些情况下，溪流也可能是干的，在这种情况下，不会对相关循环进行采样（溪流 4）。最后，大多数流在第 8 周期被采样两次，在入侵物种移除之前和之后立即进行，但入侵移除在一个流中被延迟 (4) 并发生在第 20 和 21 周期之间。为了解决这个问题，我目前调整了时间线，以便在移除之后立即进行采样编码作为时间 0；移除前时间点为负数，额外移除后采样为正数。

有没有办法在 R 中创建这些数据的时间序列并保留所有这些复杂的特征？

标签： rtime-series