r - “点图”相对于具有标准偏差的平均值

Question

在附图中，点表示每种物质的选择性平均值。在这个情节中，我想

1) 对于较小的体重 (bodymass<9Kg)，较小的圆点具有较大的字体大小。我想通过将较小的点放置得稍大一些来减少点之间的差异，但保持其他最大的点（> 9Kg）保持相同的大小。

2）我也想在点周围添加一个黑色边框（这只是为了突出点）

3）我想添加每个平均点的标准偏差（sd）。平均值和标准偏差值分别显示在“媒体”和“sp”列中。

有人可以帮助我吗？谢谢

library(tidyverse)
Dataset %>%
ggplot(aes(x = media, y = specie, 
             colour = energetic_level, size = log(bodymass))) +
  geom_point(alpha = .9) +
  scale_colour_continuous(low = 'green', high = 'red') +
  labs(x = 'Response rate', y = 'Species') +
  ggthemes::theme_few() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = .5)) 

media   dp  specie  bodymass    energetic_level
4.063478961 3.627269468 AAChlor_cyn 5000.01 3.2
4.05537378  3.585436083 ABOtol_cras 1206.61 2.4
3.999309751 3.818689333 ACMiop_tal  1248.86 3
3.945049659 3.855743536 BACerc_mit  5041.29 2.5
3.862515658 3.687924328 BCThry_swin 4000    2.8
3.655056928 3.732785731 DAHys_afri  14936.02    2.8
3.56041853  3.478167947 DBLep_cap   1500    3
3.402431689 3.446995588 DCCivet_civ 12075.58    4.6
3.401743858 3.569716116 FGenet_gen  1756.17 6.1
3.39029097  3.414370313 GALept_serv 11999.96    7
3.39009097  1.552336764 GBPhil_mont 4896.05 2.6
3.32029097  1.920646552 HOryct_afer 56175.2 5
3.239734182 3.540636613 IHipp_amph  1536310.4   3
3.154474564 3.526089786 JBSylv_grim 15639.15    3.2
2.883544415 3.007873613 MAPota_larv 69063.79    3.3
2.719993477 1.308813082 MBTrag_scri 43250.39    3
2.718552867 3.080761281 MCPant_pa   52399.99    7
1.982822501 2.085016316 MDRed_aru   58059.24    3
1.529854402 1.814623348 MFSync_caf  592665.98   3
1.443776834 1.254052861 NLox_afric  3824539.93  3
1.402107786 1.637998721 OCan_mes    22000   5.2
1.164299734 1.397597868 PPant_le    158623.93   6.8
0.887732043 1.318886523 QLyc_pict   21999.99    7
0.82952687  0.789227213 UCroc_croc  63369.98    7
0.782973623 0.570878282 VTrag_oryx  562592.69   2.7
0.477482615 0.624782141 YHipp_eq    264173.96   3

标签： rggplot2tidyversestandard-deviation

Answer 1

请注意，您的所有问题都已在 SO 上以一种或另一种形式解决。因此，这似乎是一个扩展的多重复帖子，彻底的 SO 搜索将为您提供所需的所有答案/详细信息。

具体来说：

1. 可以使用或之一scale_size来更改点大小。我并不完全清楚您在第 1 点中要问的内容，但是查看这些函数并使用一些函数的参数应该可以满足您的需求。scale_size_areascale_radius

   相关帖子是：在 ggplot2 - geom_point 中定义最小点大小 ，ggplot2：如何手动调整 scale_area

2. 要使用黑色轮廓填充点，pch = 21然后fill使用colour = "black".

   这是以下内容的副本：在点周围放置边框

3. 水平误差条可以用geom_errorbarh; 垂直的（如有必要）如果geom_errorbar。

   相关帖子是：ggplot2：在 scatterplot 中的每个点添加两个误差线，从 ggplot2 中的误差线中删除端点

总而言之，你最终会得到这样的东西：

library(ggthemes)
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(media, specie, fill = energetic_level)) +
    geom_errorbarh(aes(xmax = media + dp, xmin = media - dp)) +
    geom_point(aes(size = log(bodymass)), pch = 21, colour = "black", alpha = .9) +
    scale_fill_continuous(low = 'green', high = 'red') +
    scale_size_area() + 
    labs(x = 'Response rate', y = 'Species') +
    ggthemes::theme_few() +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = .5))

---

样本数据

df <- read.table(text =
    "media   dp  specie  bodymass    energetic_level
4.063478961 3.627269468 AAChlor_cyn 5000.01 3.2
4.05537378  3.585436083 ABOtol_cras 1206.61 2.4
3.999309751 3.818689333 ACMiop_tal  1248.86 3
3.945049659 3.855743536 BACerc_mit  5041.29 2.5
3.862515658 3.687924328 BCThry_swin 4000    2.8
3.655056928 3.732785731 DAHys_afri  14936.02    2.8
3.56041853  3.478167947 DBLep_cap   1500    3
3.402431689 3.446995588 DCCivet_civ 12075.58    4.6
3.401743858 3.569716116 FGenet_gen  1756.17 6.1
3.39029097  3.414370313 GALept_serv 11999.96    7
3.39009097  1.552336764 GBPhil_mont 4896.05 2.6
3.32029097  1.920646552 HOryct_afer 56175.2 5
3.239734182 3.540636613 IHipp_amph  1536310.4   3
3.154474564 3.526089786 JBSylv_grim 15639.15    3.2
2.883544415 3.007873613 MAPota_larv 69063.79    3.3
2.719993477 1.308813082 MBTrag_scri 43250.39    3
2.718552867 3.080761281 MCPant_pa   52399.99    7
1.982822501 2.085016316 MDRed_aru   58059.24    3
1.529854402 1.814623348 MFSync_caf  592665.98   3
1.443776834 1.254052861 NLox_afric  3824539.93  3
1.402107786 1.637998721 OCan_mes    22000   5.2
1.164299734 1.397597868 PPant_le    158623.93   6.8
0.887732043 1.318886523 QLyc_pict   21999.99    7
0.82952687  0.789227213 UCroc_croc  63369.98    7
0.782973623 0.570878282 VTrag_oryx  562592.69   2.7
0.477482615 0.624782141 YHipp_eq    264173.96   3", header = T)