r - 分层/嵌套引导方法

问题描述

我正在尝试执行分层引导，以从具有嵌套数据结构的大型数据集中获取一些样本均值。

我有一个与此类似的数据集：

ball <- c(1:13)
box <- c('1', '1', '1', '1', '2', '2', '2',
     '3', '3', '3', '3', '3', '3')
triangles <- c(1,0,1,3,1,1,2,2,0,1,1,0,4)
df <- data.frame(cbind(ball, box, triangles))
df
--
ball box triangles
   1   1         1
   2   1         0
   3   1         1
   4   1         3
   5   2         1
   6   2         1
   7   2         2
   8   3         2
   9   3         0
  10   3         1
  11   3         1
  12   3         0
  13   3         4

这个想法是有三个盒子，每个盒子里都有很多球。每个球上都有许多三角形，看起来像这样：

我的目标是，使用自举法来估计每个球上三角形的平均数量，同时控制球在哪个盒子里。

我希望模拟从盒子中进行 10,000 次替换抽样，每次随机拉一个盒子，然后随机抽样 n 次替换，其中 n 是盒子中的球数（即如果盒子 1 被选中，那么模拟将对这四个球进行四次随机抽样，最终得到任意数量的响应，例如第 1 球、第 1 球、第 3 球、第 4 球）。

然后我希望它计算它采样的球上三角形数量的平均值，存储该值，然后对一个新盒子进行采样，从而重复该过程。

到目前为止，我已经尝试使用这样的 rsample 方法（在此处描述：）：

#we need to sample groups aka boxes from 
#the dataframe so use list-columns in 
#tibbles
library(tidyverse)
library(tibble)
library(rsample)

Test <- df %>% nest(-box)
head(Test)

#now use bootstraps on this new tibble to 
#sample by ID
set.seed(002)
testbs <- bootstraps(Test, times = 10)
testbs

#let's look at one of the bootstrap 
#samples
as_tibble(testbs$splits[[1]]) %>% head()

#we can unnest the tibble and assess the 
#averages by box 
bs_avgtri<- map(testbs$splits, 
      ~as_tibble(.) %>% unnest() %>% 
                   group_by(box) %>% 
                   summarize(mean_tri = 
                   mean(triangles))) %>% 
                  bind_rows(.id = 'boots')
bs_avgtri

但是，我认为这是有缺陷的，因为我嵌套数据的方式。我得到的输出也没有意义，通常显示多个引导级别。所以我倾向于认为它出了问题，但我也不确定如何真正解析出不同函数在做什么。

我也知道我借用的方法并不真正适用于我正在做的事情，我正在尝试一种方法来做这件事，我不认为它在做我需要做的事情。

我能想到的唯一另一种方法是编写几个嵌套的 for 循环，但我不擅长 R 中的 for 循环，我相当确定有更好的方法。

如果有人对此有任何见解，我将非常感激！！！！

标签： rfor-looptidyversehierarchical-clusteringstatistics-bootstrap

tidyr::crossing对于模拟来说非常方便。

library("tidyverse")

ball <- c(1:13)
box <- c('1', '1', '1', '1', '2', '2', '2',
         '3', '3', '3', '3', '3', '3')
triangles <- c(1,0,1,3,1,1,2,2,0,1,1,0,4)
df <- tibble(ball, box, triangles)

df %>%
  # How many times do you want to run the simulation?
  crossing(rep = seq(3)) %>%
  # Next describe the sampling.
  # For each simulation and for each box...
  group_by(rep, box) %>%
  # randomly sample n() balls with replacement,
  # where n() is the number of balls in the box.
  sample_n(n(), ball, replace = TRUE) %>%
  # Compute the mean number of triangles (for each replicate, for each box)
  summarise(triangles = mean(triangles))
#> # A tibble: 9 x 3
#> # Groups:   rep [3]
#>     rep box   triangles
#>   <int> <chr>     <dbl>
#> 1     1 1          1.5 
#> 2     1 2          1.67
#> 3     1 3          2   
#> 4     2 1          2   
#> 5     2 2          1.33
#> 6     2 3          1.33
#> 7     3 1          2   
#> 8     3 2          1.67
#> 9     3 3          1.5

^{由reprex 包（v0.2.1）于 2019 年 3 月 4 日创建}

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