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python - 如何从摘要中检索基因名称

问题描述

abstract.txt = "The insulin-like growth factor 1 (IGF1) signaling pathway has emerged as a major

衰老过程的调节剂，从啮齿动物到人类。然而，鉴于 IGF1 的多效性作用，它在衰老大脑中的作用仍然复杂且有争议。虽然 IGF1 显然对中枢神经系统的正常发育至关重要，但关于其与认知功能以及脑血管和神经退行性疾病的关系的临床前研究和人类研究出现了相互矛盾的证据。这篇综述深入探讨了检查 IGF1 在衰老大脑中的作用的证据的现状，包括临床前和临床研究。对数据的广泛检查表明，IGF1 确实可能在老化的大脑中发挥相反的作用，这取决于潜在的病理学和背景。一些证据表明，在表现为大脑中异常蛋白质沉积的神经退行性疾病（例如阿尔茨海默病）的情况下，减少 IGF1 信号传导可能通过减缓疾病进展和增加病理蛋白质的清除以维持细胞稳态而起到保护作用。相比之下，诱导 IGF1 缺乏也与认知和神经血管系统功能失调有关，这表明某些 IGF1 信号传导可能是正常脑功能所必需的。此外，需要生长、修复和生存信号才能持续的急性神经元损伤状态，通常表明 IGF1 在这种情况下的有益作用。欣赏老化大脑中 IGF1 的双重、有时反对“杰基尔博士”和“海德先生”特征，将使我们更接近了解其影响并设计更有针对性的 IGF1 相关干预措施。"

这是我的 pubmed 文本文件摘要。该摘要包含一些基因名称。我怎样才能检索基因名称

标签： pythonrpubmed

解决方案

使用您的样本数据集，我们可以执行以下操作：

data.txt = "I am venkatarao.studying matsers. I am going to complete masters. my friends are venkatarao. Naveen, reddy. all are studying masters."

# Isolate words by space, remove periods and commas.
all.words = unlist(strsplit(data.txt, " "))
all.words = unlist(strsplit(all.words, "\\."))
all.words = unlist(strsplit(all.words, "\\,"))

count.table = table(all.words)

# Specify Names you are interested in
> count.table[names(count.table) %in% c("venkatarao", "Naveen")]
all.words
   masters     Naveen      reddy venkatarao 
         2          1          1          2

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