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python - 如何在 pyspark 中读取大的 zip 文件

问题描述

我在 s3 上有 n 个 .zip 文件，我想处理并从中提取一些数据。zip 文件包含一个 json 文件。在 Spark 中，我们可以读取 .gz 文件，但我没有找到任何方法来读取 .zip 文件中的数据。有人可以帮助我如何使用 python 在 spark 上处理大型 zip 文件。我遇到了一些像 newAPIHadoopFile 这样的选项，但没有得到任何运气，也没有找到在 pyspark 中实现它们的方法。请注意 zip 文件大于 1G，有些也是 20G。

下面是我使用的代码：

import zipfile
import io
file_name = "s3 file path for zip file"

def zip_extract(x):
    in_memory_data = io.BytesIO(x[1])
    file_obj = zipfile.ZipFile(in_memory_data, "r")
    files = [i for i in file_obj.namelist()]
    return dict(zip(files, [file_obj.open(file).read() for file in files]))


zips = sc.binaryFiles(file_name)
files_data = zips.map(zip_extract)

但由于以下原因，它失败了。我使用的实例是 r42x.large。

Exit code: 52
Stack trace: ExitCodeException exitCode=52: 
Py4JJavaError: An error occurred while calling z:org.apache.spark.api.python.PythonRDD.runJob.
: org.apache.spark.SparkException: Job aborted due to stage failure: Task 0 in stage 0.0 failed 4 times, most recent failure: Lost task 0.3 in stage 0.0

标签： pythonpysparkamazon-emr

解决方案

我确实以块的形式阅读了 zip 文件的内容，并使用 spark 处理了这些块。这对我有用，并帮助我阅读大小超过 10G 的 zip 文件。下面是示例集： 

max_data_length=10000
z = zipfile.ZipFile(zip_file)
data = []
counter=1
with z.open(z.infolist()[0]) as f:
    line_counter=0
    for line in f:
        # Append file contents to list
        data.append(line)
        line_counter=line_counter+1
        # Reset counters if record count hit max-data-length threshold
        # Create spark dataframes
        if not line_counter % max_data_length:          
            # Spark processing like:
            df_rdd = spark.sparkContext.parallelize(data)

            # Reset Counters and data-list
            counter=counter+1
            line_counter=0
            data= []

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