r - 使用孟德尔随机化从自己的数据创建一个新对象
问题描述
我需要在 R 的孟德尔随机化包中使用我自己的数据创建一个对象。它指示使用函数“mr_input”按插槽创建一个“MRInput”类对象插槽,然后是下面的示例。
MRInputObject <- mr_input(bx = ldlc,
bxse = ldlcse,
by = chdlodds,
byse = chdloddsse)
有人可以帮助我如何使用 mr_input 函数创建自己的数据对象吗?这是包描述的链接: https ://cran.r-project.org/web/packages/MendelianRandomization/vignettes/Vignette_MR.pdf
我的数据是 .txt 格式,看起来像这样;
> dput(head(Sample_MR_data,10))
structure(list(SNP = c("SNP_1", "SNP_2", "SNP_3", "SNP_4", "SNP_5", "SNP_6", "SNP_7", "SNP_8", "SNP_9", "SNP_10"), exposure.beta = c(-0.0062, -0.034, -0.0052, -0.028, 0.0076, 0.013, -0.0094, 0.0011, -0.024, -0.023), exposure.se = c(0.017, 0.016, 0.016, 0.016, 0.024, 0.02, 0.024, 0.02, 0.028, 0.018), outcome.beta = c(0.0026, 0.026, -0.023, -0.017, 0.012, 0.03, -0.0048, 0.026, -0.033,-0.0046),outcome.se = c(0.017, 0.03, 0.018, 0.037, 0.034, 0.02, 0.022, 0.034, 0.033, 0.017)),row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")
解决方案
slots
关键是让您的数据与mr_input
. 使用coursedata
. 您可以使用 找到可用的插槽getSlots("MRInput")
。
mr_input(bx=coursedata$bx,bxse=coursedata$bxse,by=coursedata$by,
byse=coursedata$byse)
SNP exposure.beta exposure.se outcome.beta outcome.se
1 snp_1 0.1357 0.0676 -0.00855 0.0875
2 snp_2 0.4938 0.1015 0.25656 0.1325
3 snp_3 0.3476 0.1015 0.27784 0.1316
4 snp_4 0.0679 0.0980 0.17189 0.1265
使用规范的方式:
new("MRInput",betaX=1,betaY=2,snps="snp_10")
结果:警告,因为我没有使用所有插槽:
Vectors do not all have the same length. SNP LDL-c.beta LDL-c.se CHD.beta CHD.se
1 snp_10 1 0.004 2 0.0286
2 snp_10 1 0.004 2 0.0300
3 snp_10 1 0.004 2 0.0310
4 snp_10 1 0.003 2 0.0243
5 snp_10 1 0.003 2 0.0222
6 snp_10 1 0.006 2 0.0667
推荐阅读
- firebase - Flutter中TextFormField中hintText的值是否可以保存?
- json - SharePoint Online - 查找在表单中显示多个值
- stored-procedures - 如何使用 ef 核心和干净的架构调用存储过程
- javascript - 使用概率 javaScript 获取结果
- python - 由于问题而不随机化文件名
- javascript - 当我清除文本区域时显示弹出窗口。只想显示数字
- c# - 如何序列化和反序列化一个巨大的 Trie?
- reactjs - 未能在测试中模拟子反应组件
- pdf - Ghostscript PDF/A-2b 转换遇到 CID 0 字体错误
- asp.net-core - 到达特定时间后如何通知用户(ASP.NET Core)