r - 预处理核心包

Question

我对 R 很陌生，我得到了一个包含源代码的作业。

部分源代码包括以下行：

library(preprocessCore)

然后我在我的源代码中定义了以下函数：

quantile.normalize.raw.gtex <- function(edata.mat)

{
    norm_edata = normalize.quantiles(as.matrix(edata.mat))
    rownames(norm_edata) = rownames(edata.mat)
    colnames(norm_edata) = colnames(edata.mat)
    return(norm_edata)
}

最后，在发送预定义参数后，我有一个对象被初始化为此函数的输出：

tissue.edata.qn = quantile.normalize.raw.gtex(tissue.edata)

据我了解，库函数应该包含normalize.quantiles在我的源代码中定义的函数中调用的函数。

但是，当我运行该行时library(preprocessCore)，出现以下错误：

库中的错误（preprocessCore）：

没有名为“preprocessCore”的包</p>

我还尝试运行其余代码并得到错误：

normalize.quantiles(as.matrix(edata.mat)) 中的错误：

找不到函数“normalize.quantiles”

我在网上查找了preprocessCore并最终尝试编写install.packages("preprocessCore")，但我收到一条警告消息，指出此软件包仅在 R 的 3.6.0 版本中可用，即使我检查了这是我拥有的版本。

如果有人知道问题是什么，我将感谢您的帮助。

提前致谢

标签： r

Answer 1

该preprocessCore软件包在Bioconductor中可用。因此，要安装它，您需要以下几行：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

之后，您可以使用library(preprocessCore)

希望能帮助到你。