python - 如果列名与数据框名称相同,则从多个数据框中选择特定列
问题描述
我有多个文件,我需要从每个数据框中选择一个特定的列并最终合并它们。这是我的数据框示例,
>> df1.head()
ID df1 fox mnd
ADF 49.0 34.0 55.7
XCF 89.7 32.8 21.7
第二个和第三个数据帧是,
>> df2.head()
ID lat2 df2 sap
ADF 67.00 84.00 95.70
XCF 59.70 62.80 11.70
BHG 89.00 54.89 0.34
>> df3.head()
ID df1 df2 df3
ADF 56.00 84.00 95.70
XCF 59.70 62.80 11.70
CXD 89.90 0.90 1.56
依此类推,我有 37 个这样的不同维度的数据框。我正在寻找的是:
首先,我只需要选择与文件名相同的列。例如,从
df1
我只需要 columndf1
。最后,将它们连接在一起作为一个数据框。
这里的问题是:对于某些数据帧,我的列名包含路径中的所有文件名,但对于少数数据帧,我只有包含文件名的列名和其他名称的附加列。所以我的以下代码是从每个数据帧中选择所有列。这不是我要找的。
path = 'usr/fils/data'
all_files = [os.path.join(path, i) for i in os.listdir(path) if i.endswith('tsv')]
filenames = [os.path.basename(os.path.normpath(files)) for files in all_files]
main = []
for files in all_files:
for samids in filenames:
dfs = pd.DataFrame.from_csv(files, sep="\t")
dfs.reset_index(drop=False, inplace=True)
if samids in dfs.columns:
pc_matrix = dfs[[samids]]
main.append(pc_matrix)
merged = pd.concat(main, axis=1)
例如,在这种情况下,merged
数据框由三个数据框的所有列组成。然而,这不是我想要的。
最后,我需要我的数据框应该是这样的,
>> df_final
ID df1 df2 df3
ADF 49.00 84.00 95.70
XCF 89.70 62.80 11.70
BHG NA 89.00 NA
CXD NA NA 1.56
任何建议都非常感谢。谢谢!
解决方案
利用:
#https://www.dropbox.com/sh/mytlp1t6bro1yly/AAAofCoHrwZTtnn04NFYGSb1a?dl=0
all_files = glob.glob('path/*')
main = []
for files in all_files:
c = os.path.basename(os.path.normpath(files))
try:
df = pd.read_csv(files, usecols=[c] + ['ID'], index_col=['ID'], sep='\t')
#if possible duplicated ID column - use mean or sum for unique values
#df = df.mean(level=0)
#df = df.sum(level=0)
print (df)
main.append(df)
except:
pass
merged = pd.concat(main,axis=1, sort=True)
print (merged)
df1 df2 df3
ADF 49.0 84.00 95.70
BHG NaN 54.89 NaN
CXD NaN NaN 1.56
XCF 89.7 62.80 11.70
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