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perl - 使用 ULMS:Similarity perl - mysql 用户的访问被拒绝

问题描述

我收到一个简单的错误，但我不知道如何解决它。

在对此 perl 包 (Linux) https://metacpan.org/pod/UMLS::Interface执行 make 测试时：

DBI connect('umls;mysql_read_default_group=client;','',...) failed: Access denied for user 'jon'@'localhost' (using password: NO) at /home/jon/UMLS/UMLS-Interface-1.51/blib/lib/UMLS/Interface/CuiFinder.pm line 2465.

我有密码，但我不知道如何在安装过程中提供密码。

我的愿望是使测试和安装同时适用于 UMLS 界面/相似性，以便找到单词之间的相似性和相关性。如果存在一些我可以查询相似性的网络服务器，那可能是一个很好的绕道而行。

尝试：

  1. 尝试使用 cpanm 安装

    (base) jon@jon:~/UMLS/UMLS-Interface-1.51$ sudo cpanm UMLS::Interface UMLS::Interface 是最新的。(1.51)

在这里它看起来安装正常，但是在 make 测试中我遇到了与 UMLS-SIMILARITY 相同的问题。

  1. 尝试安装：

    perl Makefile.PL make make test make install

输出：

(base) jon@jon:~/UMLS/UMLS-Interface-1.51$ perl Makefile.PL
Checking if your kit is complete...
Warning: the following files are missing in your kit:
    t/mysql.t
Please inform the author.
Generating a Unix-style Makefile
Writing Makefile for UMLS::Interface
Writing MYMETA.yml and MYMETA.json

然后在'make test'我得到数据库错误

(Access denied for user 'jon'@'localhost' (using password: NO)

  1. 我搜索了哪里可以在 UMLS-Interface 或 UMLS-Similarity 包中提供配置文件/mysql 密码。没找到。

  2. 我尝试以多种方法安装 DBI 和 DBD，所有路由都让我遇到相同的错误。

  3. 我已经尝试了网络界面： https ://metacpan.org/pod/distribution/UMLS-Similarity/utils/query-umls-similarity-webinterface.pl 但得到以下错误：

    (base) jon@jon:~/UMLS/UMLS-Similarity-1.47/utils$ query-umls-similarity-webinterface.pl 手头骨默认设置： -- default http://atlas.ahc.umn.edu/--测量路径 --sab MSH --rel PAR/CHD 用户设置：无用户定义设置

    500 无法连接到atlas.ahc.umn.edu:80http://atlas.ahc.umn.edu//cgi-bin/umls_similarity.cgi?word1=hand&word2=skull&sab=MSH&rel=PAR%2FCHD&similarity=path&button=Compute +相似度&sabdef=UMLS_ALL&reldef=CUI%2FPAR%2FCHD%2FRB%2FRN&relatedness=向量<>()<>() ^C

  4. 我也在 Windows 上试过。

    DBI connect('umls;mysql_read_default_group=client;','',...) 失败：无法连接到位于 E:\umls_perl\UMLS-Interface-1.51\blib\lib 的 'localhost' (10061) 上的 MySQL 服务器/UMLS/Interface/CuiFinder.pm 第 2465 行

我该如何解决？谢谢

标签： perlmakefilecpanmedicalcpanm

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