bioinformatics - 我可以仅使用 PDB 文件进行 PCA（在 python3.x 中使用 MDAnalysis）吗？

Question

我可能有比代码相关的更多技术问题。我尝试仅使用 PDB 文件执行 PCA（使用 MDAnalysis 包）——这个 pdb 文件包含 100 个对齐的结构（当然，它们是相同的——这意味着相同类型和数量的原子；它是在 PyMol 中完成的）。

我使用我之前制作的带有标准轨迹的 PCA 代码，但它返回错误“ No covariance information can be collect from asingle track frame ”。

因此，我的假设是 PCA 不能仅使用 PDB 文件完成，或者可以，但我没有正确的 pdb 输入。我想知道是否有人曾经尝试过这样的事情或者对 MDAnalysis 有很好的经验并且可以给我任何建议（我是计算化学的新手）。

我认为，代码并不是那么需要，但是我附上它：

import matplotlib.pyplot as plt
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.pca import PCA
import numpy as np

u = mda.Universe("mypdb.pdb") 
ca = u.select_atoms('name CA')


pca = PCA(u, select='name CA').run()
n_pcs = np.where(pca.cumulated_variance > 0.95)[0][0]
reduced_data = pca.transform(ca, n_components=n_pcs)

plt.plot(pca.variance, "-o")

标签： bioinformaticspcapymolcheminformaticsmdanalysis

Answer 1

为了让您的 PDB 文件被 mdtraj 视为“多帧”PDB 文件（而不是单帧 PDB），您必须用“END”而不是“TER”分隔每个构象。