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r - 可变宽度的滚动 30 天几何平均值

问题描述

这个问题的解决方案的解决方案几乎是我所需要的，除了使用静态平均窗口宽度为 2。我有一个数据集，其中包含来自多个站点的随机样本，我想计算滚动的 30 天几何平均值。我希望对给定样本的 30 天窗口内的所有样本进行平均，如果前面的样本在时间上更远或更近，宽度可能会改变，例如，如果 1 是否需要平均 2、3 或更多样本、2 个或更多先前的样本在给定样本的 30 天内。

这是一些示例数据，以及我的代码尝试：

RESULT = c(50,900,25,25,125,50,25,25,2000,25,25,
        25,25,25,25,25,25,325,25,300,475,25)
DATE = as.Date(c("2018-05-23","2018-06-05","2018-06-17",
                  "2018-08-20","2018-10-05","2016-05-22",
                  "2016-06-20","2016-07-25","2016-08-11",
                  "2017-07-21","2017-08-08","2017-09-18",
                  "2017-10-12","2011-04-19","2011-06-29",
                  "2011-08-24","2011-10-23","2012-06-28",
                  "2012-07-16","2012-08-14","2012-09-29",
                  "2012-10-24"))
FINAL_SITEID = c(rep("A", 5), rep("B", 8), rep("C", 9))
df=data.frame(FINAL_SITEID,DATE,RESULT)

data_roll <- df %>%
  group_by(FINAL_SITEID) %>%
  arrange(DATE) %>%
  mutate(day=DATE-dplyr::lag(DATE, n=1),
         day=replace_na(day, 1),
         rnk=cumsum(c(TRUE, day > 30))) %>%
  group_by(FINAL_SITEID, rnk) %>%
  mutate(count=rowid(rnk)) %>%
  mutate(GM30=rollapply(RESULT, width=count, geometric.mean, fill=RESULT, align="right"))

我收到此错误消息，这似乎应该是一个简单的修复，但我无法弄清楚：

Error: Column `rnk` must be length 5 (the group size) or one, not 6

标签： rdplyrrolling-average

解决方案

根据日期时间窗口计算滚动统计数据的最简单方法是运行程序包。您不必为了获得 30 天的窗口而四处乱窜。函数运行器允许您在滚动窗口中应用任何 R 函数。下面是FINAL_SITEID组内 30 天的 geometry.mean 示例：

library(psych)
library(runner)
df %>%
  group_by(FINAL_SITEID) %>%
  arrange(DATE) %>%
  mutate(GM30 = runner(RESULT, k = 30, idx = DATE, f = geometric.mean))

#     FINAL_SITEID DATE       RESULT  GM30
#    <fct>        <date>      <dbl> <dbl>
# 1 C            2011-04-19     25  25.0
# 2 C            2011-06-29     25  25.0
# 3 C            2011-08-24     25  25.0
# 4 C            2011-10-23     25  25.0
# 5 C            2012-06-28    325 325. 
# 6 C            2012-07-16     25  90.1
# 7 C            2012-08-14    300  86.6
# 8 C            2012-09-29    475 475. 
# 9 C            2012-10-24     25 109. 
# 10 B            2016-05-22     50  50.0

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