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python - Python 将 .dcm 转换为 .png，图像太亮

问题描述

我必须将一些默认提供的文件转换为.dcm，.png我在这里找到了一些代码示例来实现这一点，但最终结果太亮了。请问有人可以看看这个吗？

 def convert_to_png(file):
    ds = pydicom.dcmread(file)

    shape = ds.pixel_array.shape

    # Convert to float to avoid overflow or underflow losses.
    image_2d = ds.pixel_array.astype(float)

    # Rescaling grey scale between 0-255
    image_2d_scaled = (np.maximum(image_2d,0) / image_2d.max()) * 255.0

    # Convert to uint
    image_2d_scaled = np.uint8(image_2d_scaled)

    # Write the PNG file
    with open(f'{file.strip(".dcm")}.png', 'wb') as png_file:
        w = png.Writer(shape[1], shape[0], greyscale=True)
        w.write(png_file, image_2d_scaled)

我已经调整了代码，但似乎没有任何效果。

这就是实际的 dicom 的样子，右侧是运行此代码的结果 在此处输入图像描述

标签： pythondicompydicom

解决方案

一些 DICOM 数据集需要对原始像素强度进行窗口中心/宽度重新缩放（通过VOI LUT 模块中的 (0028,1050)窗口中心和 (0028,1051)窗口宽度元素），以便重现它们“查看”的方式.

pydicom有一个函数apply_voi_lut()用于应用此窗口：

from pydicom import dcmread
from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut

ds = dcmread(file)
if 'WindowWidth' in ds:
    print('Dataset has windowing')

windowed = apply_voi_lut(ds.pixel_array, ds)

# Add code for rescaling to 8-bit...

根据数据集类型，您可能需要事先使用apply_modality_lut()。

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