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sequence - 如何从 FASTA 格式确定模式生物

问题描述

所以我有这种fasta格式：例如

>sp|A9X7L0|ANMT_RUTGR Anthranilate N-methyltransferase OS=Ruta graveolens OX=37565 PE=1 SV=1
MGSLSESHTQYKHGVEVEEDEEESYSRAMQLSMAIVLPMATQSAIQLGVFEIIAKAPGGR
LSASEIATILQAQNPKAPVMLDRMLRLLVSHRVLDCSVSGPAGERLYGLTSVSKYFVPDQ
DGASLGNFMALPLDKVFMESWMGVKGAVMEGGIPFNRVHGMHIFEYASSNSKFSDTYHRA
MFNHSTIALKRILEHYKGFENVTKLVDVGGGLGVTLSMIASKYPHIQAINFDLPHVVQDA
ASYPGVEHVGGNMFESVPEGDAILMKWILHCWDDEQCLRILKNCYKATPENGKVIVMNSV
VPETPEVSSSARETSLLDVLLMTRDGGGRERTQKEFTELAIGAGFKGINFACCVCNLHIM
EFFK

所以我想知道如何确定一个是否是：

 Bacteria
 Viruses
 Archaea
 Eukaryota

标签： sequencebioinformaticsbiopythonfasta

解决方案

OS查看 FASTA 文件的标题部分时可以找到答案。但是假设您没有此信息，那么您将执行BLAST搜索。如果您的序列中的字母仅由 A、T、C 和 G 组成，那么它将是一个 DNA 序列。但由于它们不是您正在处理的蛋白质序列。所以我们需要使用蛋白质BLAST。

在在线工具中复制/粘贴 FASTA 文件：

爆炸搜索

将其余设置保留为默认设置，然后单击 BLAST 按钮。一段时间后，您将获得以下结果：

爆炸结果

您将看到 100% 的相似性匹配Ruta graveolens（如 FASTA 标题中所述）和大约 80% 的相似性匹配在Citrus sinensis.

如果你想知道这些物种属于哪个域，你可以点击加入记录的链接。因为Ruta graveolens那是A9X7L0.1。在那里，您会看到这种植物的通用名称是普通芸香，其分类如下：

 Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
        Spermatophyta; Magnoliopsida; eudicotyledons; Gunneridae;
        Pentapetalae; rosids; malvids; Sapindales; Rutaceae; Rutoideae;
        Ruta.

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