r - 如何选择/排除特定条件或细胞类型以使用 Limma 进行进一步分析？

Question

我是 R 和 Limma 的新手，我尝试使用 Limma 指南分析数据集。到目前为止，一切都很好，但现在我只想在“y”中包含我的数据集中的 5 种细胞类型中的 3 种，以及任何进一步的分析。如何“选择”或“排除”我在目标文件中定义的条件/单元格类型？

targets <- readTargets()
x <- read.ilmn(files="Einzelanalyse_nonorm_nobkgd.txt",ctrlfiles="ControlProbeProfile_nonorm_nobkgd.txt")
y <- neqc(x)
expressed <- rowSums(y$other$Detection < 0.05) >= 3
y <- y[expressed,]
plotMDS(y,labels=targets$condition)

标签： rbioconductorlimma