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python - zarr 何时压缩块并将其推送到底层存储系统？

问题描述

我正在将大型文本文件（VCF）中的数据读取到 zarr 数组中。代码的整体流程是

with zarr.LMDBStore(...) as store:
    array = zarr.create(..., chunks=(1000,1000), store=store, ...)
    for line_num, line in enumerate(text_file):
        array[line_num, :] = process_data(line)

我想知道 - zarr 何时压缩修改后的数组块并将它们推送到底层存储（在本例中为 LMDB）？每次更新块（即每一行）时都会这样做吗？或者它是否等到一个块被填充/从内存中删除后再这样做？假设我需要在 for 循环中分别处理每一行（由于数据和处理的性质，这里没有有效的数组操作可供使用），关于我如何馈送，我应该在这里做任何优化吗数据导入Zarr？

我只是不希望 Zarr 在每一行对每个修改的块运行压缩，因为每个块在完成并准备保存到磁盘之前将被修改 1000 次。

谢谢！

标签： pythonzarr

解决方案

每次执行此行时：

         array[line_num, :] = process_data(line)

...zarr 将 (1) 找出哪些块与您要写入的数组区域重叠，(2) 从存储中检索这些块，(3) 解压缩块，(4) 修改数据，(5) 压缩修改后的块，（6）将修改后的压缩块写入存储。

无论您使用什么类型的底层存储，都会发生这种情况。

如果您创建了一个包含超过一行高的块的数组，那么这可能效率低下，导致每个块被读取、解压缩、更新、压缩和写入多次。

更好的策略是将输入文件解析为 N 行块，其中 N 等于输出数组的每个块中的行数，以便每个块只压缩和写入一次。

如果 VCF 是指 Variant Call Format 文件，您可能需要查看 scikit-allel 中的vcf_to_zarr函数实现。

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