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r - UniprotR包如何使用GetProteinAnnontate函数？

问题描述

我尝试以这种方式使用包GetProteinAnnontate的功能：UniprotR

library(UniprotR)
ids <- c("P02812", "O75690", "Q9BXK1", "Q92837", "Q12948")
columns <- c("Entry name")
prot_ann <-  GetProteinAnnontate(ids, columns)

这给了我这个错误信息：

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input

关于如何使用此功能的任何经验？谢谢

标签： rdatabasebioinformatics

解决方案

GetProteinAnnontate当列名称以“显示在 URL 中”的形式给出时，该函数运行良好，如https://www.uniprot.org/help/uniprotkb_column_names 所示。结果列名称必须如下所示：

columns <- c("entry name")

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