python - PDB retrieve_pdb_file 方法的“所需结构不存在”

Question

尝试使用 Biopython 的 Bio.PDB.PDBList 从 PDB 下载一些蛋白质数据

这是一分钟。可重现的例子：

from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")

这将返回：

Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists

期望的行为是将 PDB 文件下载到工作目录。

可能有用的信息：

• 使用蟒蛇 3
• 不想下载整个 PDB，只需选择文件
• 使用代理，但我认为这不是问题，因为 Biopython 使用 urllib 发出请求，我尝试将 urllib 与我的代理设置一起使用，它工作正常。
• 我尝试了一些不同的 PDB 代码/ID 和其他文件类型（“mmCif”、“bundle”），它返回相同的东西
• 没有错误被击中，它显然无法在 PDB 中找到文件？
• 文件应该出现的文件夹确实在工作目录中，但该文件夹是空的

标签： pythonbioinformaticsbiopython

Answer 1

我们认为问题与我们的公司 VPN 有关，因为它在 VPN 关闭时工作（尽管代理仍然打开）。正如 sammam 所说，代码中没有问题。

不知道我们的 VPN 发生这种情况的具体原因，如果我发现会更新。