r - ggforest 在 `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level", : undefined columns selected) 中返回错误错误
问题描述
我使用以下标准代码使用来自生存包的卵巢数据集:
ovarian$rx <- factor(ovarian$rx, levels = c("1", "2"), labels = c("A", "B"))
ovarian$resid.ds <- factor(ovarian$resid.ds, levels = c("1", "2"), labels = c("no", "yes"))
ovarian$ecog.ps <- factor(ovarian$ecog.ps, levels = c("1", "2"), labels = c("good", "bad"))
ovarian <- ovarian %>% mutate(age_group = ifelse(age >=50, "old", "young"))
ovarian$age_group <- factor(ovarian$age_group)
surv_object <- Surv(time = ovarian$futime, event = ovarian$fustat)
fit1 <- survfit(surv_object ~ rx, data = ovarian)
ggsurvplot(fit1, data = ovarian, pval = TRUE)
fit2 <- survfit(surv_object ~ resid.ds, data = ovarian)
ggsurvplot(fit2, data = ovarian, pval = TRUE)
fit.coxph <- coxph(surv_object ~ rx + resid.ds + age_group + ecog.ps, data = ovarian)
ggforest(fit.coxph, data = ovarian)
我能够绘制生存曲线,但由于某种原因,我在尝试使用 4 个参数绘制 cox 危险模型时出现以下错误
Error in `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level", :
undefined columns selected
我错过了什么吗?我从数据营教程中得到了代码,所以它应该可以工作。非常感谢任何有关解决此问题的建议。
谢谢!
解决方案
这可能是由于 broom 版本 0.7.0 导致 survminer ggforest 出现该错误,请参见此处。希望 survminer 将很快更新以修复。
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