linux - 使用 Velvet 组装 SRA 读取时出现“已杀死”消息

Question

我在使用Velveth组装从 NCBI SRA 下载的读取时遇到了一些问题。

我使用的命令是：

velveth velvet 27 -fastq -shortPaired -interleaved /home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq

(velvet - 目录), (27 - 哈希长度), (fastq - 文件格式), (shortPaired - 是读取类型), (interleaved - 文件包含交错在一个文件中的成对读取)。

但是组装过程已经过早停止并出现错误消息：Killed

错误信息的尾部是：

Inputting sequence 180000000 / 193637763
Inputting sequence 181000000 / 193637763
Inputting sequence 182000000 / 193637763
Inputting sequence 183000000 / 193637763
Inputting sequence 184000000 / 193637763
Inputting sequence 185000000 / 193637763
Inputting sequence 186000000 / 193637763
Inputting sequence 187000000 / 193637763
Inputting sequence 188000000 / 193637763
Inputting sequence 189000000 / 193637763
Inputting sequence 190000000 / 193637763
Killed

Velveth 版本是 v.1.2.09。fastq文件大小为：52G

发生了什么事？为什么整个过程都被杀死了？已创建“日志”、“路线图”和“序列”文件，但没有 .config 文件。

干杯，比利。

标签： linuxmakefilebioinformaticsdna-sequencegenome