arrays - TypeError:输入不当:N=5 不得超过 M=2
问题描述
我正在尝试使用scipy.optimize.curve_fit
自定义拟合函数(大致遵循本教程):
# Fit function
def fit_function(x, y, x0, y0, A, FWHM):
return A*np.exp(1)*4*np.log(2)*((x+x0)**2 + (y+y0)**2)/FWHM**2*np.exp(-4*np.log(2)*((x+x0)**2 + (y+y0)**2)/FWHM**2)
# Open image file
img = Image.open('/home/user/image.tif')
# xdata
X, Y = img.size
xRange = np.arange(1, X+1)
yRange = np.arange(1, Y+1)
xGrid, yGrid = np.meshgrid(xRange, yRange)
xyGrid = np.vstack((xGrid.ravel(), yGrid.ravel()))
# ydata
imgArray = np.array(img)
imgArrayFlat = imgArray.ravel()
# Fitting
params_opt, params_cov = curve_fit(fit_function, xyGrid, imgArrayFlat)
由于某种原因,Jupyter Notebook 不断抛出此错误,我无法在代码中找到问题:
---------------------------------------------------------------------------
TypeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-61-eaa3ebdb6469> in <module>()
17 imgArrayFlat = imgArray.ravel() # Flatten 2D pixel data into 1D array for scipy.optimize.curve_fit
18
---> 19 params_opt, params_cov = curve_fit(doughnut, xyGrid, imgArrayFlat)
/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/optimize/minpack.py in curve_fit(f, xdata, ydata, p0, sigma, absolute_sigma, check_finite, bounds, method, jac, **kwargs)
749 # Remove full_output from kwargs, otherwise we're passing it in twice.
750 return_full = kwargs.pop('full_output', False)
--> 751 res = leastsq(func, p0, Dfun=jac, full_output=1, **kwargs)
752 popt, pcov, infodict, errmsg, ier = res
753 cost = np.sum(infodict['fvec'] ** 2)
/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/optimize/minpack.py in leastsq(func, x0, args, Dfun, full_output, col_deriv, ftol, xtol, gtol, maxfev, epsfcn, factor, diag)
384 m = shape[0]
385 if n > m:
--> 386 raise TypeError('Improper input: N=%s must not exceed M=%s' % (n, m))
387 if epsfcn is None:
388 epsfcn = finfo(dtype).eps
TypeError: Improper input: N=5 must not exceed M=2
我不明白N
和M
指的是什么,但我在某处读到,当数据点少于参数(未确定的系统)时会引发此错误 - 这里不是这种情况,因为图像文件大约有 15 x 15 = 225每个数据点。什么可能导致麻烦?
解决方案
可能您需要将功能更改为
def fit_function(X, x0, y0, A, FWHM):
x, y = X
return A*np.exp(1)*4*np.log(2)*((x+x0)**2 + (y+y0)**2)/FWHM**2*np.exp(-4*np.log(2)*((x+x0)**2 + (y+y0)**2)/FWHM**2)
因为只有第一个变量被视为独立变量。
x
目前,您在变量内部发送一个数组,该数组是np.vstack
从两个 1D 数组中生成的,因此M=2
: 您有两个数据点。在函数中,所有其他参数都被视为要优化的参数(包括y
!),因此N=5
.
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