macros - 如何在不首先复制的情况下在 ImageJ 中裁剪堆栈
问题描述
我正在使用 imageJ 进行活细胞的自动显微镜检查。
显微镜将舞台置于所需单元的中心,采用 Z 堆栈,并将此堆栈传递给 imageJ。
然后我想使用分析粒子输出每个 Z 切片中的单元格区域。(这很好用)
为此,我使用执行以下操作的宏:
- 选择了一个区域。
- 所选区域堆栈被复制
- 堆栈是自动阈值的。
- 为堆栈运行分析粒子(不包括边界上的对象)
- 找到最大面积结果
- 相应的 z 切片打印在文件中以供进一步工作。
这一切都很好,除了重复步骤对于管道来说太慢了。我需要以某种方式避免重复步骤。
有没有办法在不首先复制的情况下裁剪堆栈?(目前这会丢失除一个切片之外的所有信息)
或者,我可以只对选定区域应用阈值并分析粒子吗?
解决方案
可以在宏中使用run("Crop");
适当的选择来裁剪堆栈。
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