r - R) Counts.csv.gz 文件到 Seurat 对象
问题描述
我通常通过函数将过滤后的特征 bc 矩阵包括barcodes.tsv.gz
、、features.tsv.gz
和matrix.mtx.gz
文件导入 R 环境Read10X
,并通过函数将数据转换为 Seurat 对象CreateSeuratObject
。
但是,我发现一些公开可用scRNA-seq data
的处理仅以counts.csv.gz
文件格式共享。因此,我尝试counts.csv.gz
通过以下命令将文件转换为 Seurat 对象;
countsData<-read.delim(file = "~path/TUMOR1_counts.csv.gz", header = TRUE, sep = ",") Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = countsData, project = "Tumor2", min.cells = 3 , min.features = 200)
但是,发生了以下错误。
CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features) 中的错误:输入矩阵中不存在特征名称(行名)名称
这是看起来像这样的 counts.csv 文件。我怎么解决这个问题?
解决方案
首先,计数矩阵作为输入CreateSeuratObject()
应该具有列中的单元格和行中的特征。您似乎应该使用 t() 将导入的计数与行名进行转换。
我建议你这样做:
countsData <- read.csv(file = "~path/TUMOR1_counts.csv", header = TRUE, row.names = 1)
Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = t(countsData), project = "Tumor2", min.cells = 3, min.features = 200)
推荐阅读
- javascript - 在字符串 Javascript 上插入字符
- powershell - PowerShell - 如何记录完整的异常,包括所有有用的细节?
- c# - 我在哪里定义 aspnetcore 授权失败的 url?
- asynchronous - 在 Elixir ExUnit 测试中等待一个进程开始和结束
- c++ - 为他们的用户使用类似评论的标签来标记函数
- c - 初始化元素不是 malloc 的编译时常量
- php - 从不再拥有该角色的用户中删除 WordPress 功能
- amazon-web-services - 无法解压数据;按照官方说明安装 Elastic Beanstalk CLI 时 zlib 不可用
- java - 携带相同时间戳时对象的累加值
- r - 更改 R 中的数据格式(不想回到 excel)?