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python - Bio.Alphabet _verify_alphabet 函数现在位于哪里？

问题描述

由于Bio.Alphabet 最近迁移Bio.Seq，我想了解_verify_alphabet函数现在所在的位置。

我也可以完全重写该函数，但由于我只是在更新旧的 python 代码，我更愿意使用已经发布的东西。

谢谢您的支持

标签： pythonbioinformaticsbiopython

解决方案

恐怕Bio.Alphabet没有迁移，它已被弃用，现在已在 Biopython 1.78 中完全删除。这是旧的源代码。_verify_alphabet幸运的是，您可以轻松地模拟该功能：

def _verify_alphabet(sequence, alphabet):
    alphabet = set(alphabet) 
    return all(letter in alphabet for letter in sequence)

print(_verify_alphabet("AATGC", "ATCG"))
print(_verify_alphabet("AATUC", "ATCG"))

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