gtsummary - 更改 gtsummary 汇总表中“add_p()”函数执行的默认统计测试
问题描述
我正在使用 gtsummary 包生成汇总表。
我想做以下事情:
- “add_p”函数对“by”变量中的比例执行二比例 z 检验,而不是独立性的卡方检验。使用 stats::prop.test
- 在脚注上显示“执行的统计测试”是“具有连续性校正的比例相等的 2 样本测试”
我怎样才能在这个示例代码中做到这一点?
trial2 <- trial %>% select(trt, grade)
trial3 <- trial2[-which(trial2$grade == "III"),]
trial4 <- droplevels(trial3)
trial4 %>%
tbl_summary(
by = trt,
statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
all_categorical() ~ "{n} / {N} ({p}%)"),
digits = all_continuous() ~ 2,
label = grade ~ "Tumor Grade"
) %>% add_p()
谢谢!
解决方案
你可以有两个选择。首先,构建一个自定义 p 值函数来计算基于 的 p 值prop.test()
。add_p.tbl_summary()
帮助文件中有一个这样的例子。
第二个选项(也是更简单的选项)是从 GitHub 下载包的当前开发版本。在此版本中,该prop.test()
选项已内置。示例如下!
remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary")
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] ‘1.3.5.9017’
trial %>%
select(response, death, trt) %>%
tbl_summary(by = trt) %>%
add_p(test = everything() ~ "prop.test") %>%
modify_footnote(p.value ~ "2-sample test for equality of proportions with continuity correction")
您可能还想查看add_difference()
还报告prop.test()
p 值以及组间差异的新函数。
trial %>%
select(trt, response, death) %>%
tbl_summary(by = trt,
statistic = all_dichotomous() ~ "{p}%",
missing = "no") %>%
modify_footnote(all_stat_cols() ~ NA) %>%
add_n() %>%
add_difference(estimate_fun = ~paste0(style_sigfig(. * 100), "%"))
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