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python - 计算蛋白质序列的所有可能的 RNA 密码子组合

问题描述

我有一个蛋白质序列：

sequence_protein = 'IEEATHMTPCYELHGLRWVQIQDYAINVMQCL'

以及每种蛋白质的 tRNA 密码子表：

codon_table = {
'A': ('GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'),
'C': ('TGT', 'TGC'),
'D': ('GAT', 'GAC'),
'E': ('GAA', 'GAG'),
'F': ('TTT', 'TTC'),
'G': ('GGT', 'GGC', 'GGA', 'GGG'),
'H': ('CAT', 'CAC'),
'I': ('ATT', 'ATC', 'ATA'),
'K': ('AAA', 'AAG'),
'L': ('TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG'),
'M': ('ATG',),
'N': ('AAT', 'AAC'),
'P': ('CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG'),
'Q': ('CAA', 'CAG'),
'R': ('CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGA', 'AGG'),
'S': ('TCT', 'TCC', 'TCA', 'TCG', 'AGT', 'AGC'),
'T': ('ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG'),
'V': ('GTT', 'GTC', 'GTA', 'GTG'),
'W': ('TGG',),
'Y': ('TAT', 'TAC'),}

然后我写了一个函数，它会给出一个元组，其中包含每种蛋白质的可能密码子：

tRNA = []
for i in sequence_protein:
    for residue in i:
        tRNA.append(codon_table[residue])

这给出了这个输出：

[('ATT', 'ATC', 'ATA'),
 ('GAA', 'GAG'),
 ('GAA', 'GAG'),
 ('GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'),
 ('ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG'),
 ('CAT', 'CAC'),
 ('ATG',),
 ('ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG'),
 ('CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG'),
 ('TGT', 'TGC'),
 ('TAT', 'TAC'),
 ('GAA', 'GAG'),
 ('TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG'),
 ('CAT', 'CAC'),
 ('GGT', 'GGC', 'GGA', 'GGG'),
 ('TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG'),
 ('CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGA', 'AGG'),
 ('TGG',),
 ('GTT', 'GTC', 'GTA', 'GTG'),
 ('CAA', 'CAG'),
 ('ATT', 'ATC', 'ATA'),
 ('CAA', 'CAG'),
 ('GAT', 'GAC'),
 ('TAT', 'TAC'),
 ('GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'),
 ('ATT', 'ATC', 'ATA'),
 ('AAT', 'AAC'),
 ('GTT', 'GTC', 'GTA', 'GTG'),
 ('ATG',),
 ('CAA', 'CAG'),
 ('TGT', 'TGC'),
 ('TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG')]

有没有办法计算序列的所有可能的密码子组合（基本上计算元组中所有单独元素的乘积）？并且还要计算在不首先生成序列的情况下会有多少产品？

我尝试使用产品功能，但我的笔记本崩溃了：s

combs = []
for a in product(*tRNA):
    combs.append(a)
print(a)

标签： pythontuplesbioinformatics

解决方案

要计算组合的总数：

sequence_protein = 'IEEATHMTPCYELHGLRWVQIQDYAINVMQCL'
total_number_combinations = np.prod([ len(codon_table[aa]) for aa in sequence_protein ])

要生成所有可能的组合：

最优雅的是itertools：

from itertools import product

tRNA = [codon_table[aa] for aa in sequence_protein]
for i in product(*tRNA):
    #...do whatever you have to do with these combinations.

但您可以使用自定义函数。只需使用yield这样您就不会一次生成所有序列并避免内存问题。

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