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parallel-processing - 变体调用管道并行化：错误 - “sbatch：未找到提交作业脚本时出错（退出代码 127）”

问题描述

我开发了一个用 Snakemake 编写的管道，用于基因组变异调用分析。我现在正在尝试并行化它，以便在具有多个节点的 HPC 集群中运行。

我有一个配置文件（yaml），其中定义了文件的路径。

当我使用命令执行管道时：

shifter --volume=/home/ubuntu/vcall_docker_gatk4_bottle/:/mnt/  \
--image=docker:ray2g/vcall_biodata:1.5.1 \
snakemake --snakefile /mnt/vcall-pipe3_cluster.snake \
-p /mnt/genome/resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.fasta.sa \
-j 24 \
--cluster 'sbatch -p {params.partition} --mem {resources.mem_mb}mb --cpus-per-task {resources.cpus}' \
--forceall

我收到此错误：

Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 24
Unlimited resources: cpus, mem_mb
Job counts:
        count   jobs
        1       bwa_index
        1

[Wed Jan 27 14:30:40 2021]
Job 0: Building index -> /mnt/genome/resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.fasta.sa

bwa index /mnt/genome/resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.fasta
/bin/sh: 1: sbatch: not found
Error submitting jobscript (exit code 127):Shutting down, this might take some time.

任何人都可以帮助我吗？

标签： parallel-processinghpcsnakemakesnakeyamlvcf-variant-call-format

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