split - 如何在 PLINK 中分别对每个族进行 MAF 分析？

Question

我有一个 ped 和一个包含 90 个人口的地图文件，我希望使用 PLINK 分别对每个人口执行 MAF 过滤器。最终输出可以是每个系列的单独输出，或者在最佳情况下，是每个系列中剩余（或排除）变体的数据集。

我是否应该首先将地图和 ped 文件拆分为 90 个其他地图和 ped 文件（每个家庭一个），然后为每个人口执行 PLINK 命令？或者 PLINK 有没有办法同时完成这两个步骤？

提前致谢！

标签： splitgeneticspopulationmaf

Answer 1

已解决：使用命令 --freq --family，按照我的需要创建表。现在我只需要根据“MAF”列过滤它。