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python-3.x - 计算多个列并在单独的列中列出计数并保留一列

问题描述

我有以下数据框：

    id  coord_id    val1    val2    record  val3
0   snp chr15_1-1000    1.0 0.9 xx12    2
1   snv chr15_1-1000    1.0 0.7 yy12    -4
2   ins chr15_1-1000    0.01    0.7 jj12    -4
3   ins chr15_1-1000    1.0 1.5 zzy1    -5
4   ins chr15_1-1000    1.0 1.5 zzy1    -5
5   del chr10_2000-4000 0.1 1.2 j112    12
6   del chr10_2000-4000 0.4 1.1 jh12    15

我正在尝试计算每个 id 出现的每个 coord_id 的次数，但将 val1 列保留在结果表中，但仅在该列中包含值的范围，例如，我正在尝试完成以下结果：

  id            snp    snv         ins    del   total val1  
chr15_1-1000    1       1           3      0     5     0.01-1.0
chr10_2000-4000 0       0           0      2     2    0.1-0.4

我想按总列升序对其进行排序。

非常感谢它。

标签： python-3.xpandasdataframecountrange

解决方案

首先转入id具有计数聚合和边距总和的列。然后join()使用val1min-max 字符串：

(df.pivot_table(index='coord_id', columns='id', values='val1',
                aggfunc='count', fill_value=0,
                margins=True, margins_name='total')
   .join(df.groupby('coord_id').val1.agg(lambda x: f'{x.min()}-{x.max()}'))
   .sort_values('total', ascending=False)
   .drop('total'))

#                  del  ins  snp  snv  total      val1
# coord_id                                            
# chr15_1-1000       0    3    1    1      5  0.01-1.0
# chr10_2000-4000    2    0    0    0      2   0.1-0.4

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