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r - zoo::rollapply 窗口超过列值而不是行

问题描述

dat = structure(list(index = c(10505L, 10506L, 10511L, 10539L, 10542L, 
10579L, 10642L, 11008L, 11012L, 13011L, 13110L, 13116L, 13118L, 
13156L, 13259L, 13273L, 13313L, 13365L, 13380L, 13382L, 13445L, 
13453L, 13482L, 13483L, 13494L, 13543L, 13550L, 14462L, 14464L, 
14564L, 14599L, 14604L, 14674L, 14719L, 14728L, 14775L, 14860L, 
14874L, 14930L, 14933L, 14975L, 15031L, 15089L, 15117L, 15179L, 
15211L, 15241L, 15245L, 15255L, 15260L, 15418L, 15585L, 15627L, 
15644L, 15774L, 15776L, 15777L, 15790L, 15791L, 15833L, 15849L, 
15850L, 15886L, 16042L, 16127L, 16140L, 16141L, 16142L, 16365L, 
16485L, 16489L, 16515L, 16542L, 16738L, 16834L, 16949L, 17272L, 
17462L, 17569L, 17571L, 17641L, 17654L, 17694L, 17695L, 17709L, 
17748L, 17836L, 17922L, 18643L, 20113L, 20131L, 28914L, 29318L, 
30524L, 30741L, 30912L, 30923L, 30998L, 46650L, 46698L), V2 = c(3L, 
3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 0L, 3L, 2L, 2L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 
0L, 0L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 5L, 3L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 2L, 
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 
1L, 1L, 1L)), row.names = c(NA, -100L), class = "data.frame")

假设我想dat在滚动窗口中计算一个函数。

n_sites = function(x) {
    return(sum(x > 1))
}

zoo::rollapply(dat$V2, FUN=n_sites, width=100)

但是，我不想使用行数作为窗口大小，而是使用列中的实际数值index。所以我想让每个窗口在索引列中包含大约 100 个单位。鉴于第 1 行和第 7 行之间大约有 100 个单位index，第一个窗口将包括这些行。这可能吗？

很高兴使用zoo或data.table类似的解决方案。

标签： rzoorolling-computationrollapply

解决方案

You may also use package runner where argument idx is exactly what you're looking for

dat$n_sites <- runner::runner(x = dat$V2,
                              idx = dat$index,
                              k = 100,
                              f = n_sites)

head(dat, 10)
   index V2 n_sites
1  10505  3       1
2  10506  3       2
3  10511  3       3
4  10539  2       4
5  10542  2       5
6  10579  2       6
7  10642  2       2
8  11008  1       0
9  11012  0       0
10 13011  3       1

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