r - 为什么无法检测到 DMP 但使用 ChAMP 在甲基化分析中发现了 DMR

Question

我正在使用 ChAMP 包分析通过 Illumina 850K(EPIC) 芯片测量的两组甲基化变化。在标准化和批次效应校正后，使用具有以下参数的 champ.DMP() 函数计算差异甲基化探针 (DMP)：

myDMP <- champ.DMP(beta = myCombat,pheno=myLoad$pd$Sample_Group,arraytype="EPIC", adjPVal = 0.05,adjust.method = "BH")

然后我收到一个错误：ChAMP.DMP 甚至没有检测到一个重要的 CpG，这意味着没有检测到 DMP。

然而，我进一步检测了差异甲基化区域 (DMR)：

myDMR <- champ.DMR(beta = myCombat, pheno=myLoad$pd$Sample_Group, arraytype = "EPIC", method = "Bumphunter", cores=20)

我可以得到结果：Bumphunter 检测到 36 个 DMR，P 值 <= 0.05。

我的问题是，如果 DMR 由位于某个区域的一系列 DMP 组成，为什么没有识别出 DMP，但可以检测到一些 DMR？

任何建议将不胜感激！

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