python - 将斐济连接到 simpleITK

Question

在TUTORIAL/00_setup.ipynb我似乎无法让 ITK 使用我的 Fiji.app 或 ImageJ 安装

对于以下代码片段：

# Retrieve an image from the network, read it and display using the external viewer
image_viewer = sitk.ImageViewer()
# Uncomment the line below to change the default external viewer to your viewer of choice and test that it works.
#image_viewer.SetApplication('/Applications/ITK-SNAP.app/Contents/MacOS/ITK-SNAP')

image_viewer.Execute(sitk.ReadImage(fetch_data("SimpleITK.jpg")))

我收到以下错误

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageViewer_Execute: ../../Code/IO/src/sitkImageViewer.cxx:620:
sitk::ERROR: No ImageJ/Fiji application found.

我正在运行 Ubuntu 20.04，使用最新版本的 anaconda 和 python 3。我已经下载了 Fiji: ImageJ，带有“包含电池”并将其解压缩到我的/home/username/我也运行了命令sudo apt-get install imagej。如何将此应用程序链接到 ITK？

标签： pythonimagejsimpleitk