matlab - 在 MATLAB 中使用 FastGapFill 的正确方法是什么？

Question

我是 MATLAB 环境的新手，一直在尝试构建代谢模型。为此，我需要使用 FastGapFill 在我的网络中查找间隙。

我曾经model = readCbModel(path)阅读过模型并运行了这行代码：

[consistModel, consistMatricesSUX, BlockedRxns] = prepareFastGapFill(model)

我得到这个输出：

   1477 Total reactions
   942  Reversible reactions.
   535  Irreversible reactions.
Error using load
Unable to read file 'KEGGMatrix'. No such file or directory.

Error in generateSUXComp (line 49)
    load KEGGMatrix

Error in prepareFastGapFill (line 86)
MatricesSUX = generateSUXComp(consistModel,dictionary, filename,blackList,listCompartments);

我找不到这个 KEGGMatrix。

如果您能告诉我使用 FastGapFill 的正确方法，我将不胜感激

标签： matlabcobra