structure - 为什么 STRUCTURE v2.3.4（命令行）不起作用？

Question

我一直在尝试在一个包含 211 个 SNP 和 686 个个体的小型数据集上运行 STRUCTURE。我已经使用 pgdspider 生成了输入文件，然后删除了指定基因座名称的第一行。我仍然得到同样的错误，现在我只是不明白。

    There were errors in the input file (listed above). According to
    "mainparams" the input file should contain  1372 rows with 213 entries .

    There are 1372 rows of data in the input file, with an average of 213.00
    entries per line.  The following shows the number of entries in each
    line of the input file:

   # Entries:   Line numbers
    213:   1--1372
    ----------------------------------

   Exiting the program due to error(s) listed above.

我不明白这个错误。看起来我的输入文件与 mainparams.txt 的细节相匹配（下）

#define INFILE paua_snps_outliers_structure_2.txt
#define OUTFILE paua_outliers_output
#define NUMINDS 686
#define NUMLOCI 211
#define LABEL 1
#define POPDATA 1
#define POPFLAG 0
#define PHENOTYPE 0
#define EXTRACOLS 0
#define PHASEINFO 0
#define MISSING -9
#define PLOIDY 2
#define ONEROWPERIND 0
#define GENENAMES 0
#define MAPDISTANCE 0
#define MAXPOPS 9
#define BURNIN 10000
#define NUMREPS 5

任何人都可以帮助我吗？我注意到这显然是一个非常普遍的问题，但我还没有找到解决它的方法。

谢谢

朱利亚

标签： structure

Answer 1

如果有人有兴趣知道我是如何解决问题的，这就是答案。

基本上，因为我在 Windows 环境中处理输入文件，然后在 linux/unix 中运行 STRUCTURE，所以我只需要使用该函数

dos2unix input.txt

将文件转换为linux正确读取的版本。

那解决了它。