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perl - 找不到 Bioperl Seqio perl 模块

问题描述

我尝试从我的 Mac OS 的终端中运行此命令，该命令是从协议中复制的：

FEELnc_codpot.pl –i <unannotated_transcript.fa> -a <mRNA_sequence.fa> -g <reference_genome.fa> -m ’shuffle’ –o <unannotated_transcript>

但是，我得到一个找不到命令的错误，可能是因为我没有使用perl，所以我输入了：

perl FEELnc_codpot.pl

这给了我以下错误：

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2 /opt/anaconda3/lib/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/5.26.2 .) at FEELnc_codpot.pl line 14.

所以我seqio.pm从bioperl我下载的目录中复制并将其放在/opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level目录中。但是，这并不能解决错误。当我尝试运行此命令时：

perl seqio.pm

我收到这条消息：

Can't locate Bio/Factory/FTLocationFactory.pm in @INC (you may need to install the Bio::Factory::FTLocationFactory module) (@INC contains: /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2 /opt/anaconda3/lib/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/5.26.2 .) at seqio.pm line 339. BEGIN failed--compilation aborted at seqio.pm line 339.

所以我复制FTLocationFactory.pm到/opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level.

同样，这并没有解决错误。但给出了我也需要Simple.pm的信息@INC。我复制到正确的目录（darwin-thread-multi-2level）

然而，这又是不够的。

有谁知道如何让这个 perl 脚本工作并解决这个错误？

编辑：

Test Summary Report
-------------------
t/00-compile.t                    (Wstat: 7168 Tests: 511 Failed: 28)
  Failed tests:  51, 64, 69, 81, 158, 170, 179-184, 331
                337-342, 358, 365, 375, 430, 467, 470, 482
                494, 507
  Non-zero exit status: 28
t/Root/RootIO.t                   (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
  Non-zero exit status: 2
  Parse errors: Bad plan.  You planned 3 tests but ran 1.
Files=211, Tests=13892, 138 wallclock secs ( 2.50 usr  0.72 sys + 100.25 cusr 18.37 csys = 121.84 CPU)
Result: FAIL
Failed 2/211 test programs. 28/13892 subtests failed.
make: *** [test_dynamic] Error 255
  CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz
9 dependencies missing (Graph::Directed,LWP::UserAgent,List::MoreUtils,Test::Memory::Cycle,XML::DOM,XML::LibXML,XML::LibXML::Reader,XML::Parser::PerlSAX,XML::Twig); additionally test harness failed
  /usr/bin/make test -- NOT OK
//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
  reports CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz**

完整的输出有几页长，所以现在我只插入了摘要输出。

标签： perl

解决方案

尝试通过简单地在文件系统中复制模块来解决这些错误并不是一个好主意。您需要将它们正确安装到您的 Perl 模块库中。

您提到的两个模块都是BioPerl发行版的一部分，因此您很可能可以通过安装它来解决您的问题。

$ sudo cpan BioPerl

有关详细信息，请参阅cpan 。

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