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snakemake - Snakemake：捕获名称无法更改的输出文件

问题描述

作为我正在构建的 Snakemake 管道的一部分，我必须使用一个不允许我指定输出文件的文件路径或名称的程序。

例如，在工作目录中运行程序时，workdir/它会产生以下输出： workdir/output.txt

我的蛇形规则看起来像这样：

rule NAME:
    input: "path/to/inputfile"
    output: "path/to/outputfile"
    shell: "somecommand {input} {output}"

因此，每次运行规则 NAME 时，我都会output.txt在 snakemake 工作目录中获得一个附加文件，如果规则 NAME 运行多次或并行运行，则该文件将被覆盖。

我知道影子规则，添加shadow: "full"允许我简单地忽略output.txt文件。但是，我想将其保留output.txt并保存在与outputfile. 有没有办法通过影子指令或其他方式实现这一目标？

我还想我可以在前面somecommand加上一个cd命令，但是当将其他规则连接到规则的输出时，我可能会在下游遇到其他问题NAME。

标签： snakemake

解决方案

之后直接在外壳部分中直接移动它怎么样（前提是somecommand成功完成）？

rule NAME:
    input: "path/to/inputfile"
    output: "path/to/outputfile"
    params: 
        output_dir = "path/to/output_dir",
    shell: "somecommand {input} {output} && mv output.txt {params.output_dir}/output.txt"

编辑：对于 NAME 的多个并行执行，结合shadow: "full"可以工作：

rule NAME:
    input: "path/to/inputfile"
    output:
        output_file = "path/to/outputfile"
        output_txt = "path/to/output_dir/output.txt"
    shadow: "full"
    shell: "somecommand {input} {output.output_file} && mv output.txt {output.output_txt}"

这应该在其自己的临时目录中运行规则的每次执行，并且通过将移动的 output.txt 指定为输出 Snakemake 应该在规则运行完成后将其移动到真实的输出目录。

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