r - 有没有办法根据数据集中的列折叠系统发育树（R）

Question

我在 R 中苦苦挣扎了一段时间，我是系统发育分析的新手，模型已经解决，但树可视化不是。我正在使用（几乎）所有鸟类物种的现有系统发育树（Jetz，W.，Thomas，G.，Joy，J. 等人。鸟类在空间和时间上的全球多样性。自然 491、444-448（ 2012）。https://doi.org/10.1038/nature11631）。我可以很好地绘制这个，虽然它有点局促，因此不太漂亮（猿和树人包）。

我已经构建了一个数据集，其中包括一个二元性状（适用于所有物种）和一个它们所属的家族的列，以及与系统发育树匹配的尖端标签。现在 ik 可以在树梢上绘制特征，但由于它的物种太多，它看起来并不漂亮。我真的想将树折叠到“家庭”级别（我的数据集中的列），并且最好还根据其中显示二元性状的物种百分比为新的“家庭提示”着色。

我找到了根据内部节点等折叠树的方法，但这并不是我想要的。我也在 figtree 中尝试过，但是手动折叠如此大的数据并不是一种真正可管理的方法。我更喜欢使用 R。

如果有人对此有解决方案，那就太好了！提前谢谢你，祝你有美好的一天！

标签： rplotphylogeny