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c - 使用 Makefile 编译 MKL、OpenBLAS 和其他库

问题描述

我尝试编译了一个发布在github上的概率模型（https://github.com/gerowam/influence），但是对于不熟悉C语言和编译的人来说，如何安装相关库真的很难并在 ubuntu 20.04 上使用“Makefile”进行编译。

以下是我根据github网页上编译过程的简短介绍安装所需库的操作：

sudo apt-get update
sudo apt-get install git
sudo apt-get install make
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install libmkl-dev
sudo apt-get install libopenblas-dev
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install liblapack-dev

sudo git clone http://www.github.com/gerowam/influence

当我运行“make”时，我得到了以下信息：

swhan@swhan-VirtualBox:~/influence/dtm-dim-rdim/rdim$ make
g++ -w -Wunsafe-loop-optimizations -DSPARSE -DMKL -O3 -DMKL_ILP64 -DNDEBUG -DHAVE_INLINE -DGSL_RANGE_CHECK_OFF -I ../lib/include -I ../lib -I ../lib/math -I ../gslwrap/include -I ../gslwrap/include/gslwrap -I ../local/include -I ../lib/util/gflags-1.1/src/gflags -I/include -I /include -I /include -m64 -fopenmp -frounding-math -msse4.2 -mfpmath=sse -march=native -fno-trapping-math -fno-signaling-nans -fno-signed-zeros -fgcse-after-reload -funsafe-loop-optimizations -fgcse-sm -fgcse-las -fipa-pta -funswitch-loops    -c -o ss-lm.o ss-lm.c
In file included from ss-lm.h:29,
                 from ss-lm.c:15:
data.h:41:10: fatal error: mkl_lapacke.h: No such file or directory
   41 | #include "mkl_lapacke.h"
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [<builtin>: ss-lm.o] Error 1

所以我查看了 Makefile，它看起来像这样：

CFLAGS = -DSPARSE -DMKL -O3 -DMKL_ILP64 \
        -DNDEBUG -DHAVE_INLINE -DGSL_RANGE_CHECK_OFF  \
        -I ${SPARSE_GSL_INC} -I ${LIB} -I ${LIB}/math -I ${GSLWRAP_LIB}/include \
        -I ${GSLWRAP_LIB}/include/gslwrap -I ${LOCAL_DIR}/include \
        -I ${LIB}/util/gflags-1.1/src/gflags -I${LOCAL}/include \
        -I ${OPENBLAS_ROOT}/include \
        -I ${MKLROOT}/include \
        -m64 -fopenmp -frounding-math -msse4.2 -mfpmath=sse -march=native \
        -fno-trapping-math -fno-signaling-nans -fno-signed-zeros \
        -fgcse-after-reload -funsafe-loop-optimizations \
        -fgcse-sm -fgcse-las -fipa-pta -funswitch-loops
        #-I ../opt-local/openblas/include \
        #-fprofile-use -fprofile-correction
        #-fprofile-correction -fprofile-generate -fprofile-arcs -fprofile-values

但是在 Makefile 中，“MKLROOT”和“OPENBLAS_ROOT”不存在宏，但是当我尝试为两者设置宏时，出现了问题。具体来说，似乎 MKL 库安装在 /usr/include/mkl 的路径中，但是

-I ${MKLROOT}/include

以上让我对如何为 MKL 设置宏感到困惑。另外，如果我设置以下内容：

MKLROOT=/usr
...
-I ${MKLROOT}/include/mkl

又一个问题出现了。那是，

LDFLAGS = -Wl,-Map=ld_linkmap,-cref,-rpath -Wl,${LIB}/lib -L${LIB}/lib \
        -L${LOCAL_DIR}/lib -L${LOCAL_DIR}/lib/stl \
        -L../opt-local/openblas/lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial \
        -lhdf5 -lhdf5_hl -lgsl -lopenblas -lm \
        -Wl,--no-as-needed -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_gnu_thread -lgomp -ldl -lpthread

在这种情况下，与“intel64”相关的东西似乎位于 /usr/include/mkl/intel64 但我不知道如何执行上述命令。以下是我收到的错误消息：

/usr/bin/ld: main.o: in function `main':
main.c:(.text.startup+0x156): undefined reference to `MKL_Set_Interface_Layer'
/usr/bin/ld: main.c:(.text.startup+0x15d): undefined reference to `MKL_Set_Threading_Layer'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [Makefile:55: main] Error 1

标签： cmakefileintel-mklopenblas

解决方案

由于您的 MKL 库安装在 /usr/include/mkl 位置，您可以将 MKLROOT 环境变量设置为export MKLROOT=/usr/include/mkl 另一种替代方法是，安装 oneAPI Base & HPC Toolkits 从中您可以获取英特尔 MKL 库包并初始化 oneAPI 环境，该环境会自动设置MKL 根。有关 oneAPI Base Toolkit 和 oneAPI HPC Toolkit 的更多详细信息，请参阅https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/articles/installation-guide-for-intel-oneapi-toolkits.html

请参阅以下有关英特尔 oneMKL 的链接 https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-linux-developer-guide/top/getting-started/setting-environment-variables/脚本设置环境变量.html

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