python - Bio.Application.ApplicationError：非零返回码 -10

Question

我正在尝试在 PyCharm 中Muscle使用Biopython包装器运行。在我的 PATH 中，所以我没有指定二进制文件。我使用它，然后将其写入文件。输入文件是 4 个 fasta 格式的序列。MuscleCommandlineMusclestdout

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline

in_filename = /Volumes/DamianEx_2/Data/Results-10-16-2021-19-07/Cenpo/SPICILEGUS_genome/Fasta/above_threshold/MSA/to_align_rev_comp_QGOO01000298.1__rev.fasta
cline = MuscleCommandline(input=in_filename)
stdout, stderr = cline()

我收到一个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/damian/PycharmProjects/freeda_2.0/freeda/msa_aligner.py", line 56, in run_msa
    stdout, stderr = cline()
  File "/Users/damian/anaconda3/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 569, in __call__
    raise ApplicationError(return_code, str(self), stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code -10 from 'muscle -in /Volumes/DamianEx_2/Data/Results-10-16-2021-20-20/Cenpo/SPICILEGUS_genome/Fasta/above_threshold/MSA/to_align_rev_comp_QGOO01000298.1__rev.fasta', message 'MUSCLE v3.8.1551 by Robert C. Edgar'

MafftCommandline输入很长，但是当我使用包装器运行它时它不会抱怨。

我究竟做错了什么？

标签： pythonbiopython