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r - R ComplexUpset 包中的内存管理

问题描述

我正在尝试使用ComplexUpset包在不安图中绘制堆积条形图。我想得到的情节看起来像这样（在我的例子中 mpaa 将是组件）：

我有一个大小为 57244 x 21 的数据框，其中一列是 ID，另一列是记录类型，其他 19 列是从 1 到 19 的组件：

ID  component1   component2 ... component19   type
1   1            0              1             a
2   0            0              1             b
3   1            1              0             b

1 和 0 表示与某个组件的从属关系。如文档中的示例所示，我首先将这些 1 和 0 转换为逻辑，然后尝试绘制基本的不安图。这是代码：

df <- df %>% mutate(across(where(is.numeric), as.logical))
components <- colnames(df)[2:20]
upset(df, components, name='protein', width_ratio = 0.1)

但不幸的是，在处理最后一行时考虑了一段时间后，它会吐出如下错误消息：

Error: cannot allocate vector of size 176.2 Mb

虽然我知道我使用的是 32Gb RAM 架构，但我确信我无法将内存淹没到无法分配 167 Mb 的程度，所以我的猜测是我在 R 中管理内存有点错误。如果可能的话，你能否解释一下我的代码有什么问题。

我也知道 UpsetR 包绘制相同的数据，但据我所知，它没有提供堆叠条形图的方法。

标签： rupsetplot

解决方案

不知何故，如果您：

  1. 调整min_size参数，使绘图不会过载并给人留下更好的印象
  2. ComplexUpset即使您的样本是整个数据集，使用一些数据制作样本的第一个参数也有帮助。

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