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python - 如何根据sklearn中的预测概率对实例进行排名

问题描述

我正在使用 sklearn 的支持向量机 ( SVC) 来获取我的数据集中实例的预测概率，如下所示10-fold cross validation。

from sklearn import datasets
iris = datasets.load_iris()

X = iris.data
y = iris.target

clf=SVC(class_weight="balanced")
proba = cross_val_predict(clf, X, y, cv=10, method='predict_proba')

print(clf.classes_)
print(proba[:,1])
print(np.argsort(proba[:,1]))

我的预期输出如下print(proba[:,1])，print(np.argsort(proba[:,1]))其中第一个表示类的所有实例的预测概率，1第二个表示每个概率的数据实例的相应索引。

[0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.1 0.  0.  0.
 0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.
 0.2 0.  0.  0.  0.  0.1 0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.9 1.  0.7 1.
 1.  1.  1.  0.7 1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  0.9 0.9 0.1 1.
 0.6 1.  1.  1.  0.9 0.  1.  1.  1.  1.  1.  0.4 0.9 0.9 1.  1.  1.  0.9
 1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  1.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.9 0.
 0.1 0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.  0.1 0.  0.  0.8 0.  0.1 0.  0.1 0.  0.1
 0.3 0.2 0.  0.6 0.  0.  0.  0.6 0.4 0.  0.  0.  0.8 0.  0.  0.  0.  0.
 0.  0.  0.  0.  0.  0. ]

[  0 113 112 111 110 109 107 105 104 114 103 101 100  77 148  49  48  47
  46 102 115 117 118 147 146 145 144 143 142 141 140 139 137 136 135 132
 131 130 128 124 122 120  45  44 149  42  15  26  16  17  18  19  20  21
  22  43  23  24  35  34  33  32  31  30  29  28  27  37  13  25   9  10
   7   6   5   4   3   8  11   2   1  38  39  40  12 108 116  41 121  70
  14 123 125  36 127 126 134  83  72 133 129  52  57 119 138  89  76  50
  84 106  85  69  68  97  98  66  65  64  63  62  61  67  60  58  56  55
  54  53  51  59  71  73  75  96  95  94  93  92  91  90  88  87  86  82
  81  80  79  78  99  74]

我的第一个问题是；好像SVC不支持predict_proba。因此，如果我使用它是否正确proba = cross_val_predict(clf, X, y, cv=10, method='decision_function')？

我的第二个问题是如何打印预测概率的类别？我试过了clf_classes_。但是，我收到一条错误消息AttributeError: 'SVC' object has no attribute 'classes_'。有没有办法解决这个问题？

注意：我想使用交叉验证获得所有实例的预测概率。

编辑：

@KRKirov 的答案很棒。但是，我不需要GridSearchCV并且只想使用 normal cross validation。因此，我更改了他的代码使用cross_val_score. 现在，我得到了错误NotFittedError: Call fit before prediction。

有没有办法解决这个问题？

如果需要，我很乐意提供更多详细信息。

标签： pythonscikit-learnclassificationcross-validation

解决方案

Cross_val predict 是一个函数，它不会将分类器（在您的情况下为 SVC）作为其输出的一部分返回。因此，您无法访问后者及其方法和属性。

要执行交叉验证和计算概率，请使用 scikit-learn 的 GridSearchCV 或 RandomizedSearchCV。如果您只想要一个简单的交叉验证，请传递一个只有一个参数的参数字典。一旦有了概率，您就可以使用 pandas 或 numpy 根据特定类（下例中的 1）对它们进行排序。

from sklearn.svm import SVC
from sklearn.model_selection import GridSearchCV
from sklearn import datasets
import pandas as pd
import numpy as np

iris = datasets.load_iris()
X = iris.data
y = iris.target

parameters = {'kernel':(['rbf'])}
svc = SVC(gamma="scale", probability=True)
clf = GridSearchCV(svc, parameters, cv=10)
clf.fit(iris.data, iris.target)

probabilities = pd.DataFrame(clf.predict_proba(X), columns=clf.classes_)
probabilities['Y'] = iris.target
probabilities.columns.name = 'Classes'
probabilities.head()

# Sorting in ascending order by the probability of class 1. 
# Showing only the first five rows.
# Note that all information (indices, values) is in one place
probabilities.sort_values(1).head()
Out[49]: 
Classes         0         1         2  Y
100      0.006197  0.000498  0.993305  2
109      0.009019  0.001023  0.989959  2
143      0.006664  0.001089  0.992248  2
105      0.010763  0.001120  0.988117  2
144      0.006964  0.001295  0.991741  2

# Alternatively using numpy
indices = np.argsort(probabilities.values[:,1])
proba = probabilities.values[indices, :]

print(indices)
[100 109 143 105 144 122 135 118 104 107 102 140 130 117 120 136 132 131
 128 124 125 108  22 148 112  13 115  14  32  37  33 114  35  40  16   4
  42 103   2   0   6  36 139  19 145  38  17  47  48  28  49  15  46 129
  10  21   7  27  12  39   8  11   1   3   9  45  34 116  29 137   5  31
  26  30 141  43  18 111  25  20  41  44  24  23 147 134 113 101 142 110
 146 121 149  83 123 127  77 119 133 126 138  70  72 106  52  76  56  86
  68  63  54  98  50  84  66  85  78  91  73  51  57  58  93  55  87  75
  65  79  90  64  61  60  97  74  94  59  96  81  88  53  95  99  89  80
  71  82  69  92  67  62]

# Showing only the first five values of the sorted probabilities for class 1
print(proba[:5, 1])
[0.00049785 0.00102258 0.00108851 0.00112034 0.00129501]

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